또한 허가 검토의 담당인력 및 전문성 부족으로 사전관리보다 배출시설의 지도 점검, 배출부과금 등 사후오염원 관리에 치중하고 있는 실정이다. 허가 신청시 사업자가 제시하는 예상 배출 항목별 배출허용기준 준수 여부, 입지규제 저촉 여부만을 단시간(10일) 이내 검토 하고 있다. 폐수배출시설 특성, 환경 여건변화 등을 반영할 수 있도록 개선 할 필요가 있다. 오쪾폐수 종말처리시설의 방류수 수질을 강화하고 있으나 처리구역 밖의 개별업체에 대한 배출허용기준은 변화없이 유지되고 있는 실정이다.
산업폐수관리 체계를 개선하기위한 방안으로 폐·하수종말처리시설 구역 내에 입지한 기업에 대한 규제를 완화하여 배출시설허가(신고)절차 간소화하고 폐·하수종말처리시설에서 처리 가능한 오염물질의 배출 허용기준을 완화시켜야 한다.
또한 폐·하수종말처리시설 구역 밖에 입지한 기업에 대한 규제를 강화, 단계적으로 강화되는 폐하수종말처리시설 방류수 수질기준 수준으로 개별기업의 배출허용기준을 강화해야 한다. 그리고 업종별 배출허용기준의 차별화를 실시하여 업종별 폐수특성을 연차별 조사할 계획이다. 향후 추진계획으로 배출허가제도를 개선하여 산업계, 전문가 등 이해관계자의 의견수렴을 통해 2006년 말 제도개선안을 확정하고 유예기간을 설정하여 2007년부터 수질환경보전법 개정 추진할 계획이다. 2008년까지 업종별 실태조사를 지속하며 연차적으로 법령을 개정하여 추진할 계획이다.
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